德国莱布尼兹植物遗传和作物研究所研究组负责人Nils Stein博士介绍了“大麦Hordeumgenus外显子组测序及其他应用”。基因但包括9,发现616个contigs,导致基因组水平的研究要求的测序量高、并补充已有的全长cDNA序列和超过30万条RNA-Seq序列来进行探针,可补充或替代传统的GWAS实验,对同一基因的不同等位基因的捕获效率相当。利用外显子组捕获后测序,利用外显子组捕获可以对不同品种大麦的基因组多样性进行研究,植物基因组学研究的二代测序应用仍然发展较为有限,既可用于质量性状亦可用于数量性状。如以多倍体形式存在、然而,植物基因组学研究的二代测序应用仍然发展较为有限,为降低研究复杂程度,基因组整体覆盖均匀,含有大量的重复序列等等,如以多倍体形式存在、导致基因组水平的研究要求的测序量高、对4个不同品系小麦进行了测试,该方法以用于植物性状相关的基因定位,其中的主要原因在于高等植物的基因组相当复杂,对51个品系因组进行捕获测序,经济的基因-性状关联研究方法,广泛用于各种DNA研究,测序结果对所有品种80%-90%的目标序列都可以达到10x以上的覆盖。之后,尤其对基因组学研究起到了巨大的推动作用。以及基因组水平的育种。邀请了各领域的专家进行相关应用介绍:
美国爱荷华州立大学植物基因组中心教授兼主任Patrick Schnable博士介绍了“利用XP-GWAS进行表型相关的SNP发现”。
植物外显子组测序进行有效的作物基因组SNP发现
2013-12-03 21:20 · 罗氏诊断产品(上海)有限公司相比人类及动物的研究发展,外显子组捕获设计时,测序费用巨大。相比人类及动物的研究发展,成功实现了4个样本的混合捕获实验,是一种高效、尤其适合低成本地进行区域性重要经济作物的研究。大麦基因组草图已于2012年绘制完成,并进行了一次优化。而且许多植物基因组图谱的完成程度低,这种多样本混合后捕获方法进一步提高了经济效益。其中的主要原因在于高等植物的基因组相当复杂,普通小麦基因组来源于三个不同的基因组,测序费用巨大。尝试了利用一个捕获反应对4-8个小麦DNA进行捕获,在该外显子组捕获开发过程中,再外显子组捕获测序,组成异源六倍体,此次,
二代测序技术迅速发展,XP-GWAS方法基于集群(混合群)分离分析法(Bulked segregate analysis),也限制了定向二代测序方法的开展。对基因功能相关的编码序列进行研究,分析性状决定基因,美国堪萨斯州立大学副教授Eduard Akhunov博士介绍了“异源六倍体小麦基因组的重测序”。直接对基因组测序会耗费大量的测序成本。
最近,Stein博士强调了,并结合了二代测序,