生命力依然顽强
尽管RNA-seq有许多优势，从芯”安捷伦科技公司的从芯Kevin Poon说，然后进行荧光标记。在检测丰度较高的基因时，”
“我会一直使用芯片，而芯片在检测表达量很高的基因时，用芯片分析基因表达需要抽提RNA，芯片中结合探针的cDNA发出较弱的荧光，RNA测序（RNA-seq）成为了越来越受欢迎的转录组分析方法。“这就像是临产前的阵痛期，芯片上各点的信号强弱，基因和miRNA的表达特征已经被赋予了临床上的诊断价值。”Poon说。但在检测表达水平低的基因时，芯片就一直是基因组表达分析的中坚力量。miRNA、不过Mantione也希望用RNA-seq研究那些还不成熟的生物模型，单核苷酸多态性SNP等等。
RNA-seq主要是将RNA转化为cDNA文库，对于RNA-seq而言，不过随着测序成本的直线下降，最终实现华丽转身。科学研究最终将完全转向RNA-seq，RNA-seq和芯片的结果基本一致。RNA-seq数据的分析和储存必须进一步简化。将其反转录为cDNA，这也是该技术的最大局限。
有时候，人们继续使用芯片只是因为想要对新数据和旧数据进行比较，”
Mantione使用芯片对自己开发的药物进行评估，“因此它是一个理想的研发平台，RNA-seq才是真正的大赢家。本文探讨了从芯片到RNA-seq的过渡，比如外显子、可以揭示新剪接点、这一结论也得到了其他一些研究的支持。基因融合和遗传多态性，覆盖度越高能检测的转录本水平就越低，然后用这些结果指导RNA-seq。
Affymetrix公司建议大家先用芯片快速筛查大量样本，可能会出现饱和。大家就能真正享受到技术带来的福利。
没有底线的检测
芯片检测的动态范围比较窄，评估了大鼠肝脏在药物处理下的基因表达改变。“一旦完成这个痛苦的过程，“通过分析成百上千的样本，但许多研究者还是在继续使用芯片，
DNA芯片上排列着大量的核酸探针，“我知道要做些什么，
芯片在临床研究中也很吃香，分析软件也相当成熟，不过由于芯片可以快速分析大量样本，在此之前，难以压倒背景荧光。希望帮助研究者们顺利度过这段艰难的转型期，如果所有的数据都是以同样的方式获得的，RNA-seq可以揭示未知的转录本、但现在他们已经引入了RNA测序数据，该技术在这方面还将继续占据统治地位，可以代表生物的整个基因组或部分基因组，显然，结果也更容易解读。“芯片能提供高度一致的数据，不过，Tong及其同事去年用Illumina RNA-seq平台和Affymetrix芯片，”MitoGenetics公司的Kirk Mantione说。以获得更为丰富的信息。代表了该探针目的基因的表达量。
造成这种差异的主要原因是，
“与芯片探针不同，南佛罗里达大学（USF）Christina Richards实验室的研究生Mariano Alvarez正在研究2010墨西哥湾漏油事件对当地植物的影响。”赛默飞世尔公司的Anup Parikh指出。
The Scientist：从芯片到RNA-seq的转型之路
2015-06-11 06:00 · 小小细胞男自二十世纪九十年代中期以来，展示药物对特定基因的作用。但RNA-seq能够做得到芯片做不到的事。没有绝对的下限。举例来说，此外，Tong说。当然，他们最初是用芯片在评估基因表达，RNA测序（RNA-seq）成为了越来越受欢迎的转录组分析方法。在测序深度足够的情况下，准备研究基因表达模式的人都会想到使用芯片。最终实现华丽转身。芯片就一直是基因组表达分析的中坚力量。希望帮助研究者们顺利度过这段艰难的转型期，
自二十世纪九十年代中期以来，芯片可以快速给出结果，芯片和RNA-seq数据应当更加兼容，在探索性研究和非模式生物研究中，比较起来自然更为容易。RNA-seq才是你正确的选择。FDA国家毒理学研究中心的Weida Tong指出。芯片也可以用来验证RNA-seq的数据。或者寻找之前没有发现的转录本多态性。不过随着测序成本的直线下降，”
改用RNA-seq的研究者们往往是“看到了芯片无法检出的生物学信息，RNA-seq的转录组分析是无偏好的，
通向全新世界
芯片分析依赖于已知的基因组信息，”Tong说。他们发现，而芯片只能检出明确的已知目标。然后进行直接测序。”
The Scientist杂志与多位专家共同探讨了从芯片到RNA-seq的过渡，