基因组领域的云端云解决方案越来越受到关注,数据传输仍旧是高的瓶云用户面临的一大问题。”Stein说。通量管网冲刷数据传输和数据分析方面提出了新的测序挑战。这类问题通常需要相当大的颈里计算机内存,因为计算机性能将无法跟上测序技术的云端进步。但云计算可以很好的高的瓶为中小型实验室服务,传100GB的通量二代测序数据集将需要一个星期。用户使用NextSeq系统时,测序这种工具能够根据虚拟主机的颈里集群数进行扩展。Nathan Blow博士在Biotechniques上撰文对这一技术进行了详细的云端介绍。为他们解决高通量测序的高的瓶数据分析难题。现有的通量管网冲刷蛋白序列比对程序已经不能适应形势了,较高的测序成本就是其中之一。可以选择让仪器在储存和分析数据的颈里同时将数据传到BaseSpace,
瓶颈在哪里
由于因特网的带宽限制,而不是等仪器运行完成之后再进行数据传输。这样的海量数据不仅为人们带来了前所未有的机遇,“数据传输速率还是主要的瓶颈,
Illumina公司的BaseSpace为带宽问题提供了一个巧妙的解决方式。JanMing Ho及其同事在BMC Genomics杂志上描述了一个称为CloudBrush的工具,为此,
序列的比对和组装不是一个“易并行”问题,以便确定未知序列的“身份”。
2013年,测序所产出的数据也出现了激增。2012年,然而云计算的推广依然面临着一些问题,以传输速率为5 – 10MB/s的网络连接为例,随着序列的增多,举例来说,尤其是在数据集特别大的时候。还在数据储存、序列比对的精确性会逐渐降低。那么就可以在不同处理器上进行易并行分析。近来人们设计了一些以云计算为基础的新序列组装工具。虽然数据传输速度自2010年以来有所提高,Fabian Sievers及其同事在Bioinformatics杂志上发表文章指出,如果这些序列是独立的,)
为了解决上述问题,Stein 2010年的文章提到,这无疑给开发者们提出了新的问题。人们应当现在就认真考虑云计算在基因组测序领域的应用,云计算还能通过“并行化”为用户提供更强大的序列分析能力。相关的工具也越来越多。不过Stein认为,(比对所需的内存,
云中的数据分析
除了数据储存上的优势,
走向云端的高通量测序的瓶颈在哪里?
2014-08-11 17:05 · 李亦奇随着测序通量持续攀升和测序成本直线下降,
尽管你可能对高通量测序还不熟悉,将数据传入云端也许才是最大的一个障碍,平行化问题分为不同的类别。在云计算的世界里,